První písemné zmínky o osadě pocházejí již z roku 1429.
Obec Hamry vznikla na obchodní stezce zvané Železná či Bavorská, která vedla přes sedlo Špičáku do Úhlavského údolí. Stala se sídlem jedné z největších Králováckých rychet. Obec se tehdy skládala z mnoha samostatných dvorců roztroušených podél řeky Úhlavy i vysoko pod hraničním hřebenem. Za rozvojem osady stojí zpracování železné rudy v oblasti. Svůj název obec dostala podle hamrů, které zde zpracovávaly železnou rudu těženou v okolí. Jeden z prvních hamrů na Šumavě byl zde založen v letech 1524-1535.
Vznikaly zde též sklářské hutě, brusírny skla a řada mlýnů s pilami, které zpracovávaly dřevo z neproniknutelného Královského hvozdu. Vlastní obec vznikla v roce 1850 o rozloze 3 530ha a měla 1225 převážně německy mluvící obyvatel. V polovině 18. století tu byla založena také sklárna. Roku 1869 firma Petzold zřídila v obci papíru, kde se probíhala výroba dřevoviny a dřevitého papíru. Ta pracovala ještě ve 2. polovině 60. let 20. století, kdy byla zrušena.
Nejvíce obyvatel dosáhla před druhou světovou válkou 1450, nejméně v roce 1980 pouze 102 obyvatel. Hamry po roce 1945 málem potkal osud řady obcí, které úplně zanikly. Po řadě usedlostí zbyly jen základy nebo ovocné stromy. Obec byla socialismu sice přístupná, ale část Hamrů ležela v hraničním pásmu a každé projíždějící auto bylo kontrolováno pohraničníky. Z názvu nedaleké železniční stanice Hamry-Hojsova Stráž bylo dokonce slovo Hamry vyškrtnuto. Dnes už je vše naštěstí zase při starém.
Dominantou je kostel Bolestné Panny Marie, který vznikl přestavbou původní kaple z roku 1773. Obci se počátkem devadesátých let díky peněžním darům německých starousedlíků podařilo zrekonstruovat tento krásný kostel, který byl před pádem železné opony v podstatě na odpis.
Po pravé straně silnice na Špičák se nachází areál bývalé papírny -chátrající památka rozsáhlého energetického díla, kde byla pro výrobu papíru využívána vodní energie pomocí tří náhonů,místy ještě dochovaných.